MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis A2497 plasmid0001

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017438	AC	4	8	82	89	50 %	0 %	0 %	50 %	385270624
2	NC_017438	GA	3	6	101	106	50 %	0 %	50 %	0 %	385270624
3	NC_017438	TTG	2	6	249	254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270624
4	NC_017438	T	7	7	375	381	0 %	100 %	0 %	0 %	385270624
5	NC_017438	A	6	6	409	414	100 %	0 %	0 %	0 %	385270624
6	NC_017438	CAAT	2	8	468	475	50 %	25 %	0 %	25 %	385270624
7	NC_017438	A	8	8	520	527	100 %	0 %	0 %	0 %	385270624
8	NC_017438	A	6	6	580	585	100 %	0 %	0 %	0 %	385270624
9	NC_017438	AT	3	6	626	631	50 %	50 %	0 %	0 %	385270624
10	NC_017438	T	6	6	845	850	0 %	100 %	0 %	0 %	385270624
11	NC_017438	T	6	6	991	996	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017438	ACC	2	6	1023	1028	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_017438	ACC	2	6	1045	1050	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_017438	ACC	2	6	1067	1072	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_017438	TC	4	8	1085	1092	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017438	TAAA	2	8	1108	1115	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017438	TA	5	10	1116	1125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017438	AT	5	10	1130	1139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017438	GGA	2	6	1148	1153	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017438	TGT	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270625
21	NC_017438	AGA	2	6	1191	1196	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270625
22	NC_017438	AGG	2	6	1207	1212	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385270625
23	NC_017438	ATG	2	6	1233	1238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385270625
24	NC_017438	TTC	2	6	1275	1280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270625
25	NC_017438	TATC	2	8	1294	1301	25 %	50 %	0 %	25 %	385270625
26	NC_017438	GAAG	2	8	1329	1336	50 %	0 %	50 %	0 %	385270625
27	NC_017438	AT	3	6	1437	1442	50 %	50 %	0 %	0 %	385270625
28	NC_017438	TTGG	2	8	1484	1491	0 %	50 %	50 %	0 %	385270625
29	NC_017438	AGA	2	6	1535	1540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270625
30	NC_017438	AACT	2	8	1553	1560	50 %	25 %	0 %	25 %	385270625
31	NC_017438	GTT	2	6	1578	1583	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270625
32	NC_017438	GAG	2	6	1584	1589	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385270625
33	NC_017438	T	6	6	1627	1632	0 %	100 %	0 %	0 %	385270625
34	NC_017438	AAG	2	6	1640	1645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270625
35	NC_017438	TCT	2	6	1704	1709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270625
36	NC_017438	TTC	2	6	1718	1723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270625
37	NC_017438	AAT	2	6	1752	1757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385270625
38	NC_017438	GGAA	2	8	1811	1818	50 %	0 %	50 %	0 %	385270625
39	NC_017438	TCT	2	6	1822	1827	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270625
40	NC_017438	T	8	8	1854	1861	0 %	100 %	0 %	0 %	385270625
41	NC_017438	A	6	6	1862	1867	100 %	0 %	0 %	0 %	385270625
42	NC_017438	CTT	2	6	1876	1881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270625
43	NC_017438	T	7	7	1880	1886	0 %	100 %	0 %	0 %	385270625
44	NC_017438	TCT	2	6	1973	1978	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270626
45	NC_017438	TCT	2	6	2015	2020	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270626
46	NC_017438	AAG	2	6	2023	2028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270626
47	NC_017438	GA	3	6	2038	2043	50 %	0 %	50 %	0 %	385270626
48	NC_017438	CGA	2	6	2051	2056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385270626
49	NC_017438	A	6	6	2067	2072	100 %	0 %	0 %	0 %	385270626
50	NC_017438	TA	3	6	2104	2109	50 %	50 %	0 %	0 %	385270626
51	NC_017438	ATC	2	6	2131	2136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385270626
52	NC_017438	TTC	3	9	2167	2175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270626
53	NC_017438	CCGA	2	8	2183	2190	25 %	0 %	25 %	50 %	385270626
54	NC_017438	TAGAA	2	10	2221	2230	60 %	20 %	20 %	0 %	385270626
55	NC_017438	AAAC	2	8	2246	2253	75 %	0 %	0 %	25 %	385270626
56	NC_017438	AATT	2	8	2254	2261	50 %	50 %	0 %	0 %	385270626
57	NC_017438	CAA	2	6	2271	2276	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385270626
58	NC_017438	CTT	2	6	2280	2285	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270626
59	NC_017438	CTAGG	2	10	2298	2307	20 %	20 %	40 %	20 %	385270626
60	NC_017438	TAT	2	6	2317	2322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385270626
61	NC_017438	GTT	2	6	2371	2376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270626
62	NC_017438	ATG	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385270626
63	NC_017438	T	7	7	2452	2458	0 %	100 %	0 %	0 %	385270626
64	NC_017438	TGAT	2	8	2469	2476	25 %	50 %	25 %	0 %	385270626
65	NC_017438	AGA	2	6	2548	2553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270626
66	NC_017438	T	6	6	2590	2595	0 %	100 %	0 %	0 %	385270626
67	NC_017438	GTT	2	6	2639	2644	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270626
68	NC_017438	TCC	2	6	2653	2658	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385270626
69	NC_017438	A	6	6	2670	2675	100 %	0 %	0 %	0 %	385270626
70	NC_017438	T	6	6	2771	2776	0 %	100 %	0 %	0 %	385270627
71	NC_017438	AAT	2	6	2825	2830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385270627
72	NC_017438	TTG	2	6	2848	2853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270627
73	NC_017438	T	6	6	2965	2970	0 %	100 %	0 %	0 %	385270627
74	NC_017438	TAA	2	6	2988	2993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385270627
75	NC_017438	CTTTT	2	10	3006	3015	0 %	80 %	0 %	20 %	385270627
76	NC_017438	GTTT	2	8	3100	3107	0 %	75 %	25 %	0 %	385270628
77	NC_017438	A	6	6	3122	3127	100 %	0 %	0 %	0 %	385270628
78	NC_017438	GTT	2	6	3230	3235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270628
79	NC_017438	TGA	2	6	3292	3297	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385270628
80	NC_017438	AAC	2	6	3352	3357	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385270628
81	NC_017438	GCC	2	6	3358	3363	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385270628
82	NC_017438	AAT	2	6	3379	3384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385270628
83	NC_017438	CTG	2	6	3387	3392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385270628
84	NC_017438	TCC	2	6	3451	3456	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385270628
85	NC_017438	TAA	2	6	3457	3462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385270628
86	NC_017438	TTA	2	6	3506	3511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385270628
87	NC_017438	GTT	2	6	3523	3528	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270628
88	NC_017438	CAA	2	6	3538	3543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385270628
89	NC_017438	TAT	2	6	3591	3596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385270628
90	NC_017438	CAA	2	6	3597	3602	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385270628
91	NC_017438	TGA	2	6	3703	3708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385270628
92	NC_017438	ATT	2	6	3709	3714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385270628
93	NC_017438	TGT	2	6	3772	3777	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385270628
94	NC_017438	ATT	2	6	3785	3790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385270628
95	NC_017438	T	6	6	3899	3904	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017438	TAAA	2	8	3916	3923	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017438	ATTA	2	8	3949	3956	50 %	50 %	0 %	0 %	385270629
98	NC_017438	TTC	2	6	4007	4012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270629
99	NC_017438	TTTA	2	8	4022	4029	25 %	75 %	0 %	0 %	385270629
100	NC_017438	T	6	6	4043	4048	0 %	100 %	0 %	0 %	385270629
101	NC_017438	AG	3	6	4049	4054	50 %	0 %	50 %	0 %	385270629
102	NC_017438	AGA	2	6	4058	4063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270629
103	NC_017438	TCT	2	6	4085	4090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270629
104	NC_017438	T	7	7	4147	4153	0 %	100 %	0 %	0 %	385270629
105	NC_017438	AT	3	6	4191	4196	50 %	50 %	0 %	0 %	385270629
106	NC_017438	TAACGT	2	12	4207	4218	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385270629
107	NC_017438	TAA	2	6	4220	4225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385270629
108	NC_017438	GCT	2	6	4278	4283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385270629
109	NC_017438	TCTATA	2	12	4470	4481	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385270629
110	NC_017438	TTC	2	6	4484	4489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270629
111	NC_017438	CTA	2	6	4552	4557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385270629
112	NC_017438	CTT	2	6	4648	4653	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270629
113	NC_017438	ATCC	2	8	4746	4753	25 %	25 %	0 %	50 %	385270629
114	NC_017438	GCT	2	6	4842	4847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385270629
115	NC_017438	GAAA	2	8	4866	4873	75 %	0 %	25 %	0 %	385270629
116	NC_017438	TCT	2	6	4943	4948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270629
117	NC_017438	TGA	2	6	4984	4989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385270629
118	NC_017438	T	6	6	5017	5022	0 %	100 %	0 %	0 %	385270630
119	NC_017438	AGA	2	6	5116	5121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270630
120	NC_017438	TTCC	2	8	5125	5132	0 %	50 %	0 %	50 %	385270630
121	NC_017438	AAAC	2	8	5246	5253	75 %	0 %	0 %	25 %	385270630
122	NC_017438	AT	3	6	5298	5303	50 %	50 %	0 %	0 %	385270630
123	NC_017438	TCT	2	6	5384	5389	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270630
124	NC_017438	ATTAA	2	10	5417	5426	60 %	40 %	0 %	0 %	385270630
125	NC_017438	CTT	2	6	5484	5489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270630
126	NC_017438	AAT	2	6	5498	5503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385270630
127	NC_017438	TCT	2	6	5504	5509	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270630
128	NC_017438	AG	3	6	5512	5517	50 %	0 %	50 %	0 %	385270630
129	NC_017438	AAT	2	6	5563	5568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385270630
130	NC_017438	CAA	2	6	5574	5579	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385270630
131	NC_017438	GCT	2	6	5690	5695	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385270630
132	NC_017438	ATC	2	6	5734	5739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385270630
133	NC_017438	AAAG	2	8	5770	5777	75 %	0 %	25 %	0 %	385270630
134	NC_017438	GCT	2	6	5798	5803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385270630
135	NC_017438	T	8	8	5808	5815	0 %	100 %	0 %	0 %	385270630
136	NC_017438	AT	3	6	5850	5855	50 %	50 %	0 %	0 %	385270630
137	NC_017438	TTC	2	6	6013	6018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270630
138	NC_017438	AC	3	6	6025	6030	50 %	0 %	0 %	50 %	385270630
139	NC_017438	ATC	2	6	6037	6042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385270630
140	NC_017438	CAT	2	6	6090	6095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385270630
141	NC_017438	ACG	2	6	6136	6141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385270630
142	NC_017438	ATG	2	6	6226	6231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385270630
143	NC_017438	AAC	2	6	6308	6313	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385270630
144	NC_017438	TA	3	6	6367	6372	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017438	A	7	7	6372	6378	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017438	AAC	2	6	6400	6405	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017438	ATT	2	6	6409	6414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017438	GCA	2	6	6485	6490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385270631
149	NC_017438	TTA	2	6	6592	6597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385270631
150	NC_017438	CAA	2	6	6617	6622	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385270631
151	NC_017438	T	6	6	6650	6655	0 %	100 %	0 %	0 %	385270631
152	NC_017438	TAATC	2	10	6722	6731	40 %	40 %	0 %	20 %	385270631
153	NC_017438	A	6	6	6744	6749	100 %	0 %	0 %	0 %	385270631
154	NC_017438	CTT	2	6	6766	6771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385270631
155	NC_017438	AGC	2	6	6797	6802	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385270631
156	NC_017438	T	6	6	6894	6899	0 %	100 %	0 %	0 %	385270631
157	NC_017438	TCCT	2	8	6951	6958	0 %	50 %	0 %	50 %	385270631
158	NC_017438	A	8	8	6968	6975	100 %	0 %	0 %	0 %	385270631
159	NC_017438	AGG	2	6	7016	7021	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385270631
160	NC_017438	CTC	2	6	7028	7033	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385270631
161	NC_017438	CAA	2	6	7071	7076	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385270631
162	NC_017438	TTTC	2	8	7084	7091	0 %	75 %	0 %	25 %	385270631
163	NC_017438	CAGA	2	8	7110	7117	50 %	0 %	25 %	25 %	385270631
164	NC_017438	ATT	2	6	7125	7130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385270631
165	NC_017438	TGG	2	6	7219	7224	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385270631
166	NC_017438	TC	3	6	7249	7254	0 %	50 %	0 %	50 %	385270631
167	NC_017438	GAT	2	6	7388	7393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385270631
168	NC_017438	AGA	2	6	7435	7440	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385270631
169	NC_017438	T	6	6	7465	7470	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.